目前市面上銷售的家庭用淨水器絕大多數均是以自來水為原水，除非在嚴密的測試及維護條件下，一般的淨水器並不建議用於淨化非自來水或可能含有微生物的水。
每一種淨水器均非萬能，購買前應先了解淨水器功能與當地自來水的水質狀況，以免浪費金錢而又得不到預期的效果。
例如某些水質並不適用於逆滲透法，在水中含氯或鐵過高，可能會造成薄膜受損。又如果水中含鐵過高，則會損及紫外線殺菌淨水器的效果。