使用淨水器時進水溫度應避免過高，許多淨水器或濾心在溫度高時，處理效果變差，材料也會受損並減少使用壽命。
在新使用的濾心型淨水器或淨水單元時（包括活性碳淨水器及陽離子交換樹脂軟水器）應先使用清水浸泡過至少15分鐘以上，或以清水沖洗，以去除濾心中之雜質。
以逆滲透淨水器系統而言，前置活性碳濾心及逆滲透膜各約需使用20 公升左右的水沖洗，以去除碳粒及逆滲透膜保存液。